Rumah sakit merupakan tempat dengan derajat kontaminasi yang cukup tinggi. Sumber kontaminasi utama di rumah sakit umumnya adalah manusia berupa limbah dari proses kehidupan seperti urine, tinja, semburan pernafasan, kelupasan kulit yang selalu diproduksi dan disebarkan. Disinfeksi dan sterilisasi berikut menggunakan acuan Depkes RI (tahun 2002).
Terhadap kontaminan pokok itu, individu sakit akan menambah residu dan sekresi yang berasal dari jaringan yang sakit. Banyak kuman patogen yang berada dalam lingkungan inanimate, seperti jamur dan kuman patogen gram negatif maupun gram positif yang terbawa masuk ke dalam rumah sakit dan tersebar melalui kegiatan masyarakat di rumah sakit.

Kontaminasi dapat terjadi pada udara, peralatan, perlengkapan, personalia, air buangan dari pasien, dan secara rinci kemungkinan terjadinya kontaminasi adalah sebagai berikut:

Udara : Udara kering sebetulnya bukan tempat yang baik untuk kehidupan mikroorganisme. Berbeda halnya kalau ada uap air, udara dapat menjadi media penularan penyakit.
Air : Air dapat merupakan tempat pertumbuhan yang baik bagi mikroorganisme dan dapat berfungsi sebagai media penularan penyakit.
Ruangan dan bangunan : Dinding, plafon, lantai, saluran pembuangan, pintu, jendela yang tidak dibersihkan dan didesinfeksi mudah ditumbuhi jamur dan bakteri.
Perlengkapan atau peralatan : Hampir semua peralatan di rumah sakit dapat ditempati dan ditumbuhi mikroorganisme. Jenis dan jumlah mikroorganisme yang tumbuh tergantung pada sumber kontaminasi sebelumnya, kondisi nutrisi, dan temperatur lingkungan.
Personalia : Selama kegiatan di ruang aseptic bisa terjadi kontaminasi yang bersumber dari kulit, tangan, rambut, dan pernafasan petugas. Jumlah mikroorganisme akan meningkat bila terdapat luka- luka terbuka.
Pasien : Pasien yang telah terinfeksi merupakan sumber penularan bagi dirinya sendiri dari bagian satu ke bagian lainnya dari tubuhnya atau kepada pasien lain.
Pencegahan dan mitigasi kontaminasi mikroorganisme di rumah sakit umumnya dilakukan melalui dua tahapan prosedur, berupa dekontaminasi dan diikuti dengan desinfeksi atau sterilisasi tergantung pada tingkat bebas kuman yang dikehendaki.

Pengawasan dan pencegahan kontaminasi mikroorganisme di rumah sakit seharusnya dilaksanakan oleh semua rumah sakit. Keberhasilan usaha tersebut akan tercermin pada jenis dan jumlah mikroorganisme yang terdapat pada bahan, alat, dan lingkungan rumah sakit.

Desinfeksi
Desinfeksi diartikan sebagai proses menurunkan jumlah mikroorganisma penyebab penyakit atau yang berpotensi patogen dengan cara fisika atau kimiawi. Proses ini biasanya tidak termasuk menghancurkan spora.
Setiap proses desinfeksi harus selalu didahului dengan proses menghilangkan sebagian besar kuman yang terdapat pada permukaan benda dan sisa kuman yang sedikit akan lebih mudah dibunuh oleh zat bahan desinfektan.

Desinfeksi pada lingkungan rumah sakit dilakukan pada:

1. Permukaan alat- alat kesehatan, misalnya: tombol- tombol alat kesehatan, alat- alat radiologi yang digunakan untuk arteriografi, alat- alat laboratorium yang digunakan untuk fungsi vena. Permukaan alat- alat yang terkontaminasi dengan darah, produk darah, atau cairan tubuh memerlukan proses desinfeksi tingkat menegah. Metode desinfeksi yang digunakan adalah dengan cairan senyawa chlorin, alcohol, glutaraldehid, hydrogen peroksida, formaldehid, senyawa phenol, dan yodium.
2. Permukaan alat- alat rumah tangga, misalnya: dinding, lantai, tempat cuci tangan, permukaan meja. Kontaminasi dengan nanah, darah, produk darah, urine, cairan tubuh, dan tinja pada permukaan alat- alat rumah tangga perlu desinfeksi tingkat menengah. Metode desinfeksi yang digunakan sama dengan desinfeksi pada permukaan alat- alat kesehatan (Depkes RI, 2002).

Sterilisasi
Sterilisasi adalah suatu proses perlakuan terhadap bahan atau barang dimana pada akhir proses tidak dapat ditunjukkan adanya mikroorganisme hidup pada bahan atau barang tersebut (Depkes RI, 2002).

Kematian mikroorganisme ditentukan oleh daya tahan mikroorganisme terhadap teknik sterilisasi. Daya tahan ini tergantung pada jenis, jumlah, umur mikroorganisme, serta kondisi lingkungan proses sterilisasi. Sedangkan sterilisasi dengan teknik pemisahan mikroorganisme yang memerlukan penyaring dengan ukuran diameter saringan lebih kecil dari diameter mikroorganisme.

Sterilisasi dapat dilakukan dengan cara:

1. Pemanasan: pemanasan basah (dengan dimasak pada air mendidih, dengan menggunakan uap air pada suhu 100ºC, dengan uap air jenuh pada tekanan tinggi atau autoclave), dan panas kering (dengan pemijaran dan udara kering atau oven).
2. Bahan kimia: gas etilen oksida, dan formaldehid.
3. Penyinaran: sterilisasi dengan sinar UV, sinar Gama, sinar X dan sinar katoda.
4. Penyaringan: dengan polimer selulose (MF Milipore, Poli hidrokarbon Teflon), dan High efficiency particular air (Hepa)- udara untuk ruangan aseptik juga disterilkan dengan cara penyaringan ini.

Untuk menjaga kualitas udara dapat digunakan antara lain dengan Aerosol: Glysein, resorcinol, dan triethilen glycol ; Saringan electron- presipator : serta Penggunaan lampu UV (Ultra Violet).